Hayy Bin Yakzan, bir adada yalnız yaşayan Hayy’ın hikayesini anlatır. Hayy, doğada bulduğu her şeyi gözlemleyerek, varoluşunu sorgulamaya başlar. Zamanla, kendi kendine eğitim alır ve doğanın sırlarını keşfeder. Hayy, hayvanlarla iletişim kurar, bitkilerle yaşamını sürdürür ve insanlığın temel sorularına yanıtlar arar. Bir gün, başka bir insanla, filozof Absal ile karşılaşır. Absal, Hayy'ın öğrendiklerini insanlara aktarır, fakat aralarındaki bilgi farklılıkları, felsefi tartışmalara yol açar. Hayy, kendi deneyimleriyle elde ettiği bilgiyi, Absal’ın geleneksel bilgilendirmesiyle kıyaslayarak derin bir içsel çatışma yaşar. Sonuçta, her iki karakter de insanın doğayla olan ilişkisini ve bilgi edinme yollarını sorgular. Eser, bireylerin kendi içsel yolculuklarını ve doğanın bilgi kaynağı olma özelliğini vurgulayan derin bir felsefi metin olarak öne çıkar.