Atomların geometrik düzenlenişi, moleküler davranışlar üzerinde önemli bir etkiye sahiptir. Moleküllerin şekli, onların fiziksel ve kimyasal özelliklerini belirler. Örneğin, bir molekülün polaritesi, atomlar arasındaki açı ve düzen ile doğrudan ilişkilidir. Geometrik düzen, kimyasal bağların kuvvetini ve türünü etkileyerek, moleküllerin reaktifliğini belirler. Dolayısıyla, atomların geometrik yapısı, moleküllerin etkileşimlerini ve dolayısıyla kimyasal reaksiyonları yönlendiren temel bir faktördür.