Balık ıslahı süreci, türlerin genetik çeşitliliğini azaltabilir ve bu durum ekosistem dengesini tehdit edebilir. Aşırı ıslah, belirli türlerin üstünlük kazanmasına yol açarak, doğal yaşam alanlarındaki biyolojik çeşitliliği tehlikeye atabilir. Bu durum, ekosistemlerin dayanıklılığını zayıflatabilir ve doğal kaynakların sürdürülebilirliğini tehdit edebilir. Bu nedenle, ıslah süreçlerinde ekolojik dengeyi gözetmek ve türler arası etkileşimleri dikkate almak büyük önem taşır.