Darülfünun'un eğitime katkıları, günümüz eğitim sistemi üzerinde derin izler bırakmıştır. Mehmed Ali Ayni, bu kurumun bilimsel düşünceyi yayma çabasının, günümüzdeki eğitim anlayışında özgür düşüncenin, eleştirinin ve yenilikçiliğin temelini oluşturduğunu savunur. Darülfünun, bireylere entelektüel birikim sunarak, sorgulayıcı bir birey olmalarını teşvik etmiştir. Bu bağlamda, günümüzdeki eğitim sisteminin de bireyleri düşündüren, sorgulayan ve araştırmaya yönlendiren bir yapıda olması, Darülfünun'un mirasının bir yansımasıdır. Ayrıca, bilimsel yöntemlerin eğitimdeki yeri, Darülfünun'un etkisiyle günümüzde daha da önem kazanmaktadır.