Deney yaparken karşılaşılan zorluklar genellikle malzemelerin temin edilmesi, deneyin sonucunu tahmin etme ve uygulama aşamasında dikkat gerektiren detaylardır. Bu zorlukları aşmak için öncelikle deneyin adımlarını dikkatlice incelemek ve gerekirse bir yetişkinden yardım almak faydalı olabilir. Ayrıca, deneyi yaparken esnek olmak ve ortaya çıkan sonuçları anlamaya çalışmak, öğrenme sürecinin bir parçasıdır. Her deneyden sonra sonuçları değerlendirerek, gelecekteki deneylerde daha iyi bir plan yapma fırsatı doğar.