Ergenekon davası, Türkiye'de siyasi iktidar ilişkilerini önemli ölçüde dönüştürmüştür. Bu dava, derin devlet yapılanmalarının ve devlet içindeki güç mücadelelerinin gün yüzüne çıkmasına neden olmuştur. İktidar, bu süreçte hem kendini yeniden yapılandırmış hem de muhalefeti bastırmak için yeni yöntemler geliştirmiştir. Davanın ilerlemesiyle birlikte, toplumda adalet arayışı ve siyasi hesaplaşma isteği artmış, bu da siyasi kutuplaşmayı pekiştirmiştir. Dolayısıyla, Ergenekon davası, Türkiye'nin siyasi dinamiklerini radikal bir şekilde değiştirmiş ve iktidar ilişkilerinin yeniden tanımlanmasına yol açmıştır.