Ece Pek, Gizemli Saat'te zamanın doğasını ve geçmişle yüzleşme temalarını derinlemesine işlerken, karakterin içsel yolculuğuna odaklanıyor. Ana karakterin, eline geçen esrarengiz saat aracılığıyla geçmişe dönebilme imkanı, onu travmalarıyla yüzleşmeye zorlar. Zamanın bir yük mü yoksa bir kurtuluş aracı mı olduğu sorusu, eserdeki ana çatışmayı oluşturur. Karakterin geçmişle olan hesaplaşması, okuyucuya zamanın ne denli karmaşık bir olgu olduğunu gösterirken, anın değerini de vurgular. Bu bağlamda, zamanın insan hayatındaki yeri ve geçmişle barışma süreci, eserin temel unsurlarındandır.