Gizli ordular, bireylerin özgür iradesini büyük ölçüde etkileyebilir. Bu yapılar, bireylerin karar alma süreçlerini manipüle ederek, toplumsal algıları şekillendirebilir. Örneğin, gizli bilgi akışları ve propagandalar yoluyla, bireyler üzerinde baskı kurarak, özgür iradeyi sınırlayabilirler. Ayrıca, bu tür örgütlerin varlığı, bireyler arasında bir güvensizlik ortamı yaratarak, sosyal ilişkileri de etkileyebilir. Bu nedenle, bireylerin özgür iradesi, gizli orduların stratejileriyle tehdit altında olabilir.