Hayy'ın doğayla olan ilişkisi, onun felsefi düşüncelerinin temellerini oluşturur. Doğanın sunduğu deneyimler, Hayy’ın varlık ve bilgi konusundaki sorgulamalarını derinleştirir. Doğa, Hayy'a yalnızca fiziksel bir yaşam alanı sunmakla kalmaz, aynı zamanda ruhsal ve zihinsel olarak da gelişmesine katkı sağlar. Doğanın yasalarını ve düzenini gözlemleyerek, Hayy, kendi varlığını ve evrendeki yerini anlamaya çalışır. Bu süreç, onun dogmatik düşüncelerin ötesine geçmesine ve kendi hakikatini bulmasına olanak tanır. Doğa ile olan bu etkileşim, Hayy’ın felsefi düşüncelerinin şekillenmesinde kritik bir rol oynar.