İş modeli inovasyonunun en büyük engelleri, değişime karşı direnç, risk alma korkusu ve geleneksel düşünce kalıplarıdır. Bu engelleri aşmak için, işletmelerin yenilikçi bir kültür oluşturması, çalışanların fikirlerini teşvik etmesi ve başarısızlıkları öğrenme fırsatı olarak görmesi gerekmektedir. Ayrıca, liderlerin değişimi desteklemesi ve yenilikçi düşünceyi benimsemesi, sürecin başarılı bir şekilde ilerlemesine yardımcı olacaktır.