ISA Server 2006, güvenlik yönetiminde önemli bir rol oynar. Yazılım, ağ trafiğini izleme, kontrol etme ve filtreleme yetenekleri sunarak, potansiyel tehditlerin önlenmesine yardımcı olur. Ayrıca, kullanıcıların veri güvenliğini sağlamak için çeşitli yapılandırma seçenekleri sunar. Bu sayede, sistem yöneticileri, ağlarını koruma altına alarak, güvenli bir çalışma ortamı oluşturabilirler. Dolayısıyla, ISA Server 2006, hem bireysel hem de kurumsal düzeyde güvenlik yönetimini güçlendirir.