Otantik öğrenme yaklaşımının en büyük zorlukları arasında, eğitimcilerin geleneksel yöntemlerden uzaklaşmaları ve yeni stratejilere açık olmaları gerekliliği bulunmaktadır. Ayrıca, sınıf ortamında öğrencilerin bireysel ihtiyaçlarını karşılamak için gerekli kaynakların sağlanması ve öğrenme süreçlerinin esnek bir yapıda yönetilmesi de zorluk teşkil eder. Eğitimcilerin, otantik öğrenme yöntemlerini etkili bir şekilde uygulayabilmesi için sürekli profesyonel gelişim ve destek almaları da önemlidir. Bu zorlukların aşılması, eğitim sisteminin daha etkili ve kapsayıcı hale gelmesine yardımcı olacaktır.