Özel yetenekli öğrencilerin eğitiminde en büyük zorluklardan biri, bu öğrencilerin bireysel ihtiyaçlarının doğru bir şekilde belirlenmesi ve karşılanmasıdır. Eğitim sistemleri genellikle standartlaştırılmış müfredata odaklanırken, özel yetenekli bireylerin farklı öğrenme stilleri ve hızları göz önüne alınmamaktadır. Ayrıca, bu öğrencilerin sosyal ve duygusal gelişimlerini destekleyecek uygun ortamların sağlanması da zorluklar arasında yer almaktadır. Öğretmenlerin, bu öğrencilerle olan etkileşimlerinde karşılaştıkları sınırlamalar ve eğitim materyallerinin yetersizliği de önemli bir sorun teşkil etmektedir.