Sirkadiyen beslenme modelinin günlük hayatta uygulanması, özellikle modern yaşamın getirdiği yoğunluk ve düzensizlikler nedeniyle bazı zorluklar içermektedir. Öncelikle, iş ve sosyal hayatın getirdiği zaman baskısı, düzenli yemek saatlerine uymayı zorlaştırmaktadır. Ayrıca, iş yerlerinde sağlıklı gıda seçeneklerinin sınırlı olması, bireylerin sağlıklı beslenmelerini engelleyebilir. Hızlı yaşam temposu, çoğu zaman sağlıksız atıştırmalıklara yönelmeye sebep olur. Bunun yanı sıra, gece çalışma saatleri veya düzensiz uyku düzeni, bireylerin biyolojik saatlerini bozarak sirkadiyen beslenme modelini uygulamalarını güçleştirebilir. Tüm bu faktörler, bireylerin sağlıklı bir beslenme alışkanlığı geliştirmesi önünde engeller teşkil etmektedir.