Teşkilat-ı Mahsusa, gizli operasyonlar yürüten bir örgüt olarak, günümüzdeki benzer yapılarla bazı ortak özelliklere sahiptir. Her iki tür örgüt de istihbarat toplama, sabotaj ve propaganda gibi faaliyetler yürütmektedir. Ancak, günümüzdeki gizli örgütler genellikle daha modern teknolojiler ve uluslararası işbirlikleri ile faaliyet gösterirken, Teşkilat-ı Mahsusa'nın çalışmaları daha çok dönemin siyasi ve askeri koşullarına dayanıyordu. Ayrıca, günümüz örgütleri, uluslararası hukuk çerçevesinde hareket ederken, Teşkilat-ı Mahsusa'nın eylemleri çoğunlukla etik ve hukuki sınırları zorlamaktaydı. Bu bağlamda, her iki örgütün motivasyonları ve işleyiş biçimleri farklılıklar göstermektedir.