Roman, Profesör Aronnax, asistanı Conseil ve balina avcısı Ned Land'ın, denizlerde bir gemi tarafından esir alınmasıyla başlar. Kaptan Nemo'nun Nautilus adlı denizaltı gemisiyle, denizlerin derinliklerine yapılan yolculuk, hem keşif hem de tehlikelerle doludur. Bu süreçte, deniz canlılarıyla karşılaşırken, denizlerin büyüleyici ve gizemli dünyasını keşfederler. Kaptan Nemo, intikam peşinde koşan bir karakter olarak, insanlığa karşı duyduğu öfkeyi denizlerin derinliklerinde gizler. Üç arkadaş, bu yolculuk sırasında birçok tehlikeyle ve macerayla yüzleşir. Nihayetinde, Nemo'nun geçmişindeki acılar ve denizlere olan tutkusuyla, denizaltındaki yaşamın zorlukları, karakterlerin kendi içsel yolculuklarına dönüşür. Sonuç olarak, roman, denizlerin sırlarını ve insan ruhunun derinliklerini sorgulayan bir eser olarak okuyucuya sunulur.