Mürekkep Yürek, Meggie ve babası Mo'nun hikayesini takip eder. Mo, eski bir kitap tamircisidir ve Meggie, babasından kitapların büyülü dünyasını öğrenir. Ancak, bir gün Mo'nun okuduğu bir kitap olan 'Mürekkep Yürek' gerçek dünyayı tehdit eden yaratıkları ortaya çıkarır. Meggie ve Mo, Dustfinger adında bir karakter ile tanışarak, bu büyülü dünyada mahsur kalır. Dustfinger, onlara yardım etmeye çalışırken, romanın kötü karakteri Capricorn ile yüzleşmek zorunda kalırlar. Meggie, babasını kurtarma çabasıyla kendi gücünü keşfeder. Romanın ilerleyişi, okumanın sadece eğlence değil, aynı zamanda tehlike de barındırdığını gösterir. Karakterler, karşılaştıkları zorluklar ve maceralarla birlikte büyür ve değişir. Sonunda, dostluk, cesaret ve fedakarlık temaları ön plana çıkarak, hikaye duygusal bir bağla noktalanır.